空気中のアレルギー起因物質(アレルゲン)を吸入して起こる、皮膚のかゆみを主体とする病気で、原因となる物質としては、人間同様、花粉、ハウスダスト、ハウスダスト中のダニなどが知られている。なぜアレルギーを起こすかははっきりとわかっていないが、アレルギー反応の原因となるIgEと呼ばれる免疫抗体を異常に作りやすい素因があるものと思われる。雄よりも雌に多く、アトピーが起こりやすい犬種も報告されている。アトピー好発犬種はアイリッシュ・セター、ダルメシアン、ウエスト・ハイランド・ホワイト・テリア、ラサ・アプソ、ワイヤーヘアード・フォックス・テリア、ボストン・テリア、スコティッシュ・テリア、ミニチュア・シュナウザーなどである。
多くの場合、1歳から3歳の若い犬で痒みがはじまる。体をかく以外にも、足先をなめる、顔や眼の回りをこするなども痒みの表現である。また多くは耳の中の痒みや外耳炎も持っている。何も皮膚病を持たない部分をいきなりかゆがるのが特徴であるが、かきこわしたり、慢性的になめたり掻いたりして、皮膚が赤くなったり、厚くなったり、黒くなったりすることもある。また引き続いて皮膚の細菌感染(膿皮症)や、皮膚がかさかさしたりべとべとしたりする脂漏症が起こることもある。痒みは夏だけというように季節性の場合もあれば、最初から季節に関係なく通年かゆい場合もある。
治療に先立って、しっかり診断をつける必要がある。アトピーの診断は問診と身体検査を中心に行われるが、痒みの他の原因、すなわち細菌感染、外部寄生虫、食物アレルギーやノミアレルギーと区別することが重要である。ベストの治療法はアレルゲンが特定できたならばそれを避けることであるが、特定できないことや避けきれないことが多い。しかしながら、痒みは一つだけの原因で起こっていることはまれなので、いくつもの原因を除くことで、治療効果も期待できる。細菌感染や寄生虫感染があれば治療し、被毛をシャンプーによって清潔に保ち、脂漏症があればこれもシャンプーでコントロールする。さらに民間療法として古くから知られているオートミール入りの冷水浴も痒みの抑制に効果がある。直接的な痒みの抑制には抗ヒスタミン薬が使われる。ステロイド剤は痒みに効果が高いが、副作用も強いので、使うならば短期間だけの使用がすすめられる。皮内反応という方法でアレルゲンを特定して、それを継続的に注射する減感作療法というものもあるが、今後人間のアレルギー専門医との協力で、その土地に多いアレルゲンを選んで、注射法を犬用に改良すれば使えるようになるだろう。現在はあまり一般的には行われていない。