原虫という下等な単細胞生物が寄生するものですが、複雑なライフサイクルを持っています。猫で多くみられるコクシジウムはイソスポラと呼ばれるものです。また、トキソプラズマも原虫の一種です。また症状はあまり示さないクリプトスポリジウムという日和見病原体も猫に感染します。ジアルジアも小型の原虫で、猫から猫へ移り、子猫で激しい感染の場合は下痢、悪臭の下痢便、粘液便などの症状がみられ、成猫でも軟便程度の症状を起こすことがよくあります。消化吸収不良のため体重があまり増えない場合があります。通常の糞便検査では発見できない場合も多いので、診断はなかなか困難です。したがって疑われる場合には、よく効く薬を与えてみる場合もよくあります。